Eldi á laxi í sjókvíum hefur tortímandi áhrif á laxastofna sem og göngusilungsstofna næst sjóvkvíaeldissvæðum. Við Ísland er sjókvíaeldi sérlega skaðlegt því laxinn sem er notaður í sjóvkvíaeldinu er norskur. Sjókvíaeldislaxar sleppa reglulega úr  sjókvíum  og synda upp í íslenskar ár til hrygningar með tilheyrandi erfðablöndun og eyðileggingu á íslenskum laxastofnunum. Sjúkdómar og sníkjudýr sem eldislaxinum fylgja draga einnig úr lífslíkum villtra íslenskra laxa og reyndar gildir það sama fyrir sjóbirtinga og sjóbleikjur í nágrenni við sjókvíar.